Téma: 
Címkék: 
Ezen az oldalon találhatók azoknak a molekuláknak a modelljei, amelyek az adott molekula legjellemzőbb kémiai viselkedésének megfeleltek az összevetés során.
A morfológia összefüggéseinek alkalmazásával eddig a következő anyagok molekuláinak modellje készült el. A molekulák modellezésénél ugyanazok a szabályok érvényesek, mint az atommagok modellezésénél, ezért a formai kiegészülés figyelembe vételvel elkészített molekulák azt mutatják, hogy az anyagok kristályszerkezete is a morfológia összefüggései szerint érthető meg.
Ennek az egyik elkészült példája a kalcium karbonát molekula modellje, amelyben a szénatom úgy kapcsolódik a kalcium magjához, hogy együtt egy olyan csonka (két rétegű) háromszöget alkotnak, amelynek minden csonka csúcsához egy oxigén képes kapcsolódni 5-3 kötéssel. Az első molekulamodell ezt az elrendezést mutatja.
Ez a kép a CaCo3 szerkezeti-összetételi modelljét mutatja meg. A következő pedig a kész modellt. Mindkét képen egyetlen színt használtunk, hogy a proton-neutron összetétel és arány egyelőre ne zavarja meg a valószínű morfológiai modell megtalálását.
Érdekes, hogy formailag a modell tökéletesen azonos a króm 52-es izotópjának trioxidjával, amennyiben ilyen oxid létezik. A két modell az egységes szín használata miatt nem különböztethető meg egymástól. A modell egyes elemei nincsenek összeragasztva, ezért nem látható, hogy a molekula ugyan lapos, de a csúcsokon kapcsolódó oxigén atomoknak valójában kissé túl kellene nyúlniuk a közpoti molekula alsó síkján, mintegy lábakként megemelve azt.
A következőkben bemutatunk néhány lehetséges szén és szilícium gyűrű modellt, és néhány gyűrűs molekula modelljét. Érdemes megfigyelni, hogy modellezés szempontjából a gyűrűt alkotó magok több módon is kapcsolódhatnak egymáshoz, amelynek a valóságban is lehet jelentősége a gyűrűt tartalmazó molekulák kapcsolódása és tulajdonságai szempontjából.
Széngyűrűk: Nézzük elsőként a C 6-os, konvencionális gyűrűjét robbantott szerkezeti változatban.
A következő képen az összetolt változatot láthatjuk két szekezeti allotróp változatban, alatta pedig összehasonlításképpen a szilícium gyűrűjét.
Látható, hogy a két gyűrű kapcsolódásai és szögei teljesen azonosak, csak a mag méretében van közöttük különbség. Itt azonban a hasonlóságnak vége is van. A szén morfológiailag alkalmas másfajta gyűrűk létrehozására is. (Amennyiben azonban nem ez a helyes formája a szilíciumnak, ez még változhat. jelenleg ugyanis több lehetséges forma közül kell még dönteni.)
Nézzük meg először a négyes széngyűrűt robbantott szerkezeti, majd összetolt, és a szemléletesség kedvésért megfordított változatban is.
Láthatjuk, hogy a gyűrű közepén éppen egy alfa részecske méretű lyuk van.
Nézzük meg az ötös gyűrűt, majd a hatos gyűrű morfológiailag lehetséges többi változatát is.
Láthatjuk, hogy az ötös gyűrű kapcsolódásai egészen mások, mint a hatosé, és ettől a kapcsolódási szögek is megváltoztak. A gyűrű ugyan lapos, de nem a lapjain, hanem a kapcsolódó szénatomok élein fekszik. Az alkotó szénatomok a hatos gyűrűtben látott részben elfordult helyzetüktől eltérően mind azonos módon állnak.
Morfológiailag a hat szénatom így is gyűrűvé illeszthető, hogy az alább látható spirális gyűrűt hozza létre.
Ennél a szerkezetnél a szénatomok kapcsolódási helyet kínáló vége a gyűrű felszínén található, míg a korábbi gyűrűk esetében a kapcsolódó végek a gyűrűvé kapcsolódáshoz mind le voltak kötve.
Ennél az elrendezésnél a hat szénatom egy gyűrűs közepű csillagot alkot, még több külső kapcsolódási lehetőséget kínálva.
Végül:
Ez az elrendezés már nem is gyűrű, hanem spirális karú csillag.
Most nézzünk meg néhány széngyűrűt tartalmazó molekulát, majd néhány olyat is, amelyben a széngyűrűbe valamilyen más atom épül be.
Ez a kép a benzol molekula eltérő kapcsolódású változatait mutatja.
Ez pedig az azonos kapcsolódás királis változata.
Azonban ez is csak egyetlen lehetséges modellje a benzolnak. Más lehetséges modellek is vannak, amelyek közül a helyes modellt csak akkor lehet kiválasztani, amikor már minden más modellt kizártunk a benzol fizikai-kémiai tulajdonságával való összevetés alapján. A hidrogén ugyanis kapcsolódhat a molekula egészéhez is (a gyűrűhöz, mint a képen), de kapcsolódhat közvetlenül a szénatomokhoz is. Ekkor viszont a gyűrűt már a hidrogénnel kiegészült szénatomok fogják alkotni.